1 września 1953 r. Naczelny Dyrektor Archiwów Państwowych powołał Powiatowe Archiwum Państwowe w Inowrocławiu. Doceniając znaczenie Archiwum w regionie, w sierpniu 1958 r. przekształcono je w Oddział Terenowy Wojewódzkiego Archiwum Państwowego w Bydgoszczy. Pozwoliło to na wykonywanie wszystkich zadań nałożonych na archiwa państwowe. Było to gromadzenie stałego zasobu historycznego, kształtowanie narastającego zasobu, opracowywanie i udostępnianie archiwaliów oraz prowadzenie wszelkich prac związanych z popularyzacją zasobu i wiedzy o archiwach. Od 1983 r. placówka funkcjonuje jako Oddział Archiwum Państwowego w Bydgoszczy.
W 1953 r. zasięgiem działania objęto powiat inowrocławski, mogileński oraz żniński. Zmiany w podziale administracyjnym w 1975 r. spowodowały przejście gminy Orchowo do woj. konińskiego. Odtąd zasięg działania nie uległ zmianie, przy czym gmina Trzemeszno od 1999 r. znajduje się w pow. gnieźnieńskim.
Początkowo Archiwum mieściło się w siedzibie Prezydium Powiatowej Rady w Inowrocławiu. Tam w maju 1954 r. przejęto akta miejskie Kruszwicy, Mogilna i Trzemeszna. Odtąd systematycznie przejmowano archiwalia zabezpieczone w archiwach zakładowych. Otrzymanie w 1972 r. samodzielnego budynku przy ul. Narutowicza 58 umożliwiło ukształtowanie struktury zasobu. Z Archiwum Państwowego w Bydgoszczy przejęto akta administracji specjalnej, sądów, notariuszy, okupacyjnego więzienia inowrocławskiego oraz władz administracji ogólnej i samorządu powiatowego. Były to archiwalia wytworzone na podległym terenie w latach 1815–1945. Niewielka ilość dokumentacji trafiła do Oddziału z Archiwum Państwowego w Poznaniu.
Zasób (621 zespołów-115 634 j.a., 1102,79 mb.) stanowią archiwalia z lat 1398-2004. Dokumenty miejskie z okresu staropolskiego przechowywane są w Archiwum Państwowym w Bydgoszczy i tam udostępniane. Najstarsze materiały znajdujące się w Oddziale to akta kościoła katolickiego pw. Marka Ewangelisty w Polanowicach z 1720 r. Zdecydowaną część zasobu stanowią archiwalia wytworzone w XIX wieku, najmniej liczne są akta z okresu okupacji. Do specyficznej należy dokumentacja związana z wydobywaniem solanki oraz przemysłem spożywczym.
Systematycznie wzrasta ilość korzystających oraz udostępnionych jednostek inwentarzowych – 3 208 j.i. w 2004 r., oraz 3 941 w 2006 r. Popularyzację archiwaliów umożliwiają corocznie wystawy organizowane wspólnie z miejscowymi muzeami, biblioteką i Oddziałem PTH oraz spotkania z młodzieżą.
W Oddziale zgromadzono wszystkie zachowane archiwalia władz oraz instytucji szczebla powiatowego i niższego, metrykalne i stanu cywilnego, spółdzielni oraz instytucji finansowych z XIX i XX wieku. Stanowią one podstawowa bazę do badań dziejów Kujaw, Pałuk i pogranicza z Wielkopolską. Materiały archiwalne dotyczące tych ziem przechowywane są także w archiwach państwowych w Bydgoszczy i Poznaniu.
Kierownicy Oddziału:
- Edward Szelner (1953-1955)
- Tadeusz Kaliski (1955-1970)
- Barbara Kwiatkowska (1970-1971)
- Lidia Wakuluk (1972-2019)
- Dariusz Chyła (od 1 października 2020)
opracowała: Lidia Wakuluk (aktualizacja X-2020)